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Una amigdalitis puede tener distintas causas. En caso de una amigdalitis aguda, las causas se deben generalmente a infecciones provocadas por virus y por determinadas cepas de bacterias. Las amigdalitis bacterianas son un 15-30% del total de amigdalitis. Las bacterias responsables de la mayoría de las amigdalitis bacterianas son los estreptococos del grupo A (estreptococos A), concretamente el estreptococo betahemolítico grupo A (EbhGA). Cuando el sistema inmunitario de la persona está debilitado, se favorece la aparición de infecciones como la amigdalitis.
En la amigdalitis crónica hay una infección constante del las amígdalas que puede derivar en una faringitis.
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